Es probable que durante la edad media en el siglo IX, comenzara como granjas monásticas.
Durante la ocupación musulmana y tras los destrozos y ruinas producidos por Almanzor, cae en decadencia.
En 1.041 llega a Silos huyendo del Rey de Navarra, un monje llamado Domingo, era el Prior del monasterio de San Millán de la Cogolla. Fernando I, Rey de León le acoge y le encomienda la reconstrucción del monasterio, recuperar los edificios y la comunidad, Con su capacidad de trabajo y organización en 32 años consigue recuperar el monasterio y conducirlo a una época de esplendor.
El 20 de Diciembre de 1.073 fallece y en 1.076 es canonizado. Su tumba se convierte en objeto de peregrinación.
Tras la desamortización de Mendizábal, se interrumpe la vida monástica a lo largo de 45 años.
En 1.880, llegan unos monjes benedictinos de Francia, se instalan en el y sacan al monasterio de la ruina en que se hallaba, al mismo tiempo recuperan gran parte de archivos medievales, tales como manuscritos, diplomas, etc. así como una parte muy importante de la Edad Moderna.
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